Με τον όρο απολύμανση πολλές φορές δημιουργείται μια σύγχυση στο κοινό, για το τι ακριβώς εννοούμε. Ξεκαθαρίζοντας λοιπόν τι εννοούμε με τον όρο απολύμανση θα λέγαμε ότι υπάρχουν δυο είδη ή μέθοδοι απολύμανσης:

• Υπάρχει η ΕΜΜΕΣΗ απολύμανση, όπου στόχος είναι ο έλεγχος των εντόμων και των τρωκτικών που μεταφέρουν παθογόνους μικροοργανισμούς για τον άνθρωπο. Π.χ. τα τρωκτικά μεταφέρουν τον ιό της λεπτοσπείρωσης. Με τον έλεγχο του πληθυσμού των τρωκτικών, μειώνουμε τις πιθανότητες προσβολής του ανθρώπινου πληθυσμού από τον ιό.
• Στην ΑΜΕΣΗ απολύμανση, το μικροβιακό φορτίο του χώρου ενδιαφέροντος, είναι άμεσος στόχος. Έτσι συνεχίζοντας το προηγούμενο παράδειγμα, θα μπορούσε να ακολουθήσει μια ΜΙΚΡΟΒΙΟΚΤΟΝΙΑ με κάποιο απολυμαντικό, ώστε να απαλλαχθεί ο χώρος από τυχόν παραμένοντες μικροοργανισμούς στο χώρο ενδιαφέροντος.